La Estación San Juanito Chepe se encuentra en las partes más elevadas de la Sierra Tarahumara. El área en que se encuentra la Estación San Juanito Chepe tiene las temperaturas más bajas. Solamente el Tren Chepe Regional tiene parada en la Estación San Juanito Chepe. Se encuentra entre la Estación Creel Chepe y la Estación La Junta Chepe en las Barrancas del Cobre.
